Date limite de candidature reportée au ~~27 mars~~, places encore disponibles.

École Jeunes Chercheuses et Jeunes chercheurs du GDR BIMMM

10-14 juin, Forges-les-Eaux

Le GDR BIMMM propose une école de bioinformatique sur les méthodes statistiques, algorithmiques et combinatoires pour l’analyse des grandes masses de données de séquences, telles que les données produites par séquençage à haut débit.

Cette école s’adresse aussi bien aux scientifiques du domaine qu’à celles et ceux issus de domaines connexes qui souhaitent découvrir ce champ pluridisciplinaire en pleine expansion:

aux scientifiques en doctorat, post-doctorat, avec un poste permanent, ou ingénieur⋅e, en bioinformatique ou biostatistique avec une maîtrise des outils bioinformatiques qui souhaiteraient approfondir leurs compétences sur les méthodes et modèles combinatoires ou statistiques mis en œuvre dans ces outils;
aux scientifiques faisant de la recherche en informatique ou statistique qui souhaiteraient découvrir les possibles applications de leur discipline à l’analyse des séquences biologiques.

Cette diversité de public est une promesse de brassage et d’échanges stimulants.

L’école se tient tous les deux ans, chaque année paire. L’édition 2024 aura lieu du 10 au 14 juin au centre VVF de Forges-les-Eaux (Seine Maritime). Le nombre de participants est limité à 30.

Programme

Le coeur du programme est formé de deux grands modules, dont l’objectif est de présenter les outils méthodologiques conformes à l’état de l’art pour l’analyse de séquences, tout en faisant le lien avec les dernières technologies expérimentales, les outils de développement logiciel à disposition des bioinformaticiens et les logiciels d’analyse de données les plus courants.

Fondements statistiques : Les analyses statistiques font partie intégrante de toute étude génomique. L’objectif de cette série de cours est de proposer aux participantes et participants une mise à jour sur des notions de base en s’appuyant sur des problèmes et des modèles fréquemment rencontrés. Être capable de choisir l’analyse pertinente pour répondre à une question précise repose typiquement sur le choix d’un modèle statistique approprié. Nous reviendrons sur les notions élémentaires d’estimation et de test. L’analyse différentielle de données issues de RNA-seq sera détaillée comme un exemple typique. Le programme abordera ensuite les points suivants: utilisation de modèle de Markov et de Markov cachés pour l’analyse de données génomiques, introduction générale aux méthodes d’inférence bayésiennes, méthodes d’inférence spécifiques aux données de grande dimension et méthodes d’inférence et d’analyse de réseaux.
Fondements algorithmiques et combinatoires pour l’analyse de séquences : Les technologies de séquençage génèrent des grandes masses de données, qui demandent pour leur traitement des algorithmes très efficaces. Nous présenterons les développements actuels en algorithmique du texte qui permettent de passer à l’échelle: comparaison de séquences avec erreurs, comparaison sans alignement, indexation plein texte, indexation de k-mers, réduction de dimension. Nous illustrerons ces concepts avec l’application à deux problèmes classiques: le mapping et l’assemblage.

Programme prévisionnel (susceptible de changer)

Cours A (resp. S) désigne un cours d’algorithmique des séquences (resp. de statistiques). A et A+ (resp. S et S+) correspondent à des TPs de niveau introductif ou avancé et « // » désigne des TPs et ateliers ayant lieu en parallèle.

Demande d’inscription

Les demandes d’inscription se font sur dossier: un court CV accompagné d’une lettre de motivation, qui détaille notamment les compétences actuelles et à acquérir en informatique et statistique, pour participer à l’école (le tout dans un unique fichier au format PDF), par mail à jc2bim@inrae.fr avant le 20 27 mars 2024.

Les frais d’inscription sont de 550€ (tarif unique) et couvrent ainsi que le matériel pédagogique, l’hébergement, la restauration (petit-déjeuner, déjeuner et diner) pendant toute la durée de l’école (avec possibilité d’arriver dès le dimanche soir).

Intervenantes et intervenants

Claire Lemaitre (Inria Rennes), Mahendra Mariadassou (INRAE), Marie-Laure Martin (INRAE), Mikaël Salson (CRIStAL), Guillem Rigaill (INRAE), Camille Marchet (CNRS), Hélène Touzet (CNRS), Guillaume Kon Kam King (INRAE), Benjamin Linard (INRAE), Yann Le Cunff (Université de Rennes), Yoann Dufresne (Institut Pasteur)

Le centre VVF de Forges-les-Eaux

L’école est accueillie au centre VVF de Forges-les-Eaux. Il s’agit d’un village vacances situé dans un cadre bucolique avec étang, piscine, table de ping-pong, billard, baby-foot, espace farniente, ludothèque…

La gare de TER est à 2,8km du centre, à Serqueux, en liaison directe avec Rouen et Amiens. La ligne de car 527 relie la gare de Serqueux à Forges-les-Eaux (l’arrêt de bus est alors à 1,3km du centre).