Ecole (JC)2BIM 2020

Ecole Jeunes Chercheuses et Jeunes chercheurs du GDR BIM
8-12 juin, Nouan-le-Fuzelier

Report de date: 29 mars au 2 avril 2021. Les participants prévus aux dates initiales sont acceptés d’office à ces nouvelles dates. Plus d’informations à suivre.

Le GDR BIM propose une école de bioinformatique sur les méthodes statistiques, algorithmiques et combinatoires pour l’analyse des grandes masses de données de séquences, telles que les données produites par séquençage à haut débit.

Cette école s’adresse aussi bien aux scientifiques du domaine qu’à ceux issus de domaines connexes qui souhaitent découvrir ce champ pluridisciplinaire en pleine expansion:

  • doctorants, postdocs, chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs en bioinformatique ou biostatistique qui possèdent une maitrise des outils bioinformatiques et qui souhaiteraient approfondir leurs connaissances sur les méthodes et les modèles mis en oeuvre dans ces outils;
  • chercheurs, enseignants-chercheurs, post-docs en informatique ou statistique qui souhaiteraient découvrir les possibles applications de leur discipline à l’analyse des séquences biologiques.

Cette diversité de public est une promesse de brassage et d’échanges stimulants.

L’école se tient tous les deux ans, chaque année paire. L’édition 2020 aura lieu du 8 au 12 juin à La Ferme de Courcimont (Nouan-le-Fuzelier, Loir-et-Cher). Le nombre de participants est limité à 30.

Programme

Le coeur du programme est formé de deux grands modules, dont l’objectif est de présenter les outils méthodologiques conformes à l’état de l’art pour l’analyse de séquences, tout en faisant le lien avec les dernières technologies expérimentales, les outils de développement logiciel à disposition des bioinformaticiens et les logiciels d’analyse de données les plus courants.

  • Fondements statistiques : Les analyses statistiques font partie intégrante de toute étude génomique. L’objectif de cette série de cours est de proposer aux participants une mise à jour sur des notions de base en s’appuyant sur des problèmes et des modèles fréquemment rencontrés. Etre capable de choisir l’analyse pertinente pour répondre à une question précise repose typiquement sur le choix d’un modèle statistique approprié. Nous reviendrons sur les notions élémentaires d’estimation et de test. L’analyse différentielle de données issues de RNA-seq sera détaillée comme un exemple typique. Le programme abordera ensuite les points suivants: utilisation de modèle de Markov et de Markov cachés pour l’analyse de données génomiques, introduction générale aux méthodes d’inférence bayésiennes, méthodes d’inférence spécifiques aux données de grande dimension (notamment les méthodes régularisées comme le Lasso) et méthodes d’inférence et d’analyse de réseaux.
  • Fondements algorithmiques et combinatoires pour l’analyse de séquences : Les technologies de séquençage génèrent des grandes masses de données, qui demandent pour leur traitement des algorithmes très efficaces. Nous présenterons les développements actuels en algorithmique du texte qui permettent de passer à l’échelle: comparaison de séquences avec erreurs, comparaison sans alignement, indexation plein texte, indexation de k-mers, réduction de dimension. Nous illustrerons ces concepts avec l’application à deux problèmes classiques: le mapping et l’assemblage.

A ce tronc commun, s’ajouteront des conférences-débats sur des sujets d’ouverture. Pour l’édition 2020, l’accent sera mis en particulier sur la science ouverte et la reproductibilité avec l’utilisation de conda, docker, gitlab,…

Demande d’inscription

Les demandes d’inscription se font sur dossier: un court CV accompagné d’une lettre de motivation pour participer à l’école (le tout dans un unique fichier au format PDF).

Les inscriptions sur liste principale sont closes. Il reste possible de déposer une demande sur ce formulaire pour figurer sur la liste complémentaire.

Les frais d’inscription couvrent l’hébergement, la restauration (petit-déjeuner, déjeuner et diner) pendant toute la durée de l’école, ainsi que le matériel pédagogique.

Doctorant Postdoc Autre
Personnel CNRS 0 0 0
Personnel établissement public (1) 400 450 500
Personnel établissement privé 400 450 700

(1) Les personnels INRAE peuvent bénéficier d’une prise en charge à hauteur de 50% de leurs frais d’inscription par la Formation Permanente.

Intervenants

Rayan Chikhi (Institut Pasteur), Sarah Cohen-Boulakia (Université Paris Saclay), Jacques van Helden (IFB et AMU Marseille), Claire Lemaitre (Inria Rennes), Mahendra Mariadassou (MaIAGE, INRAE), Marie-Laure Martin-Magniette (MIA Paris, INRAE), Guillem Rigaill (INRAE, SPS), Stéphane Robin (MIA Paris, INRAE), Mikaël Salson (Université de Lille, CRIStAL), Sophie Schbath (MaIAGE, INRAE), Céline Scornavacca (CNRS, ISEM), Hélène Touzet (CNRS, CRIStAL)

Le site de La ferme de Courcimont

L’école est accueillie à La Ferme de Courcimont à Nouan-le-Fuzelier, au coeur de la Sologne. Il s’agit d’un village vacances situé en pleine nature dans un parc boisé avec étang, piscine, terrain de volley, table de ping-pong…

La gare de TER est à 800 mètres, en liaison directe avec Orléans et Vierzon. Pour le premier jour de l’école, nous proposons également une navette en bus directe depuis Paris, avec des horaires plus pratiques.

Sponsors

L’édition 2020 est organisée par le GDR BIM, dans le cadre des Ecoles Thématiques du CNRS. Elle est également soutenue par le département NUMM d’INRAE.

Edition 2018

Toutes les informations et documents de cours

Comité scientifique

Rayan Chikhi (Institut Pasteur), Alain Denise (Université Paris Saclay), Jacques van Helden (IFB et AMU Marseille), Claire Lemaitre (Inria Rennes), Stéphane Robin (MIA Paris, INRAE), Sophie Schbath (MaIAGE, INRAE), Hélène Touzet (CNRS, CRIStAL)

Gestionnaire de l’école: Christine Yvoz (CRIStAL)