Le programme préliminaire est disponible ci-dessous.
Nous aurons le plaisir d’écouter des exposés invités de :
- Dr. Paolo Ribeca, National Center of Genomic Analyses, Barcelona
thématique : méthodes pour le traitement du séquençage haut-débit
ex-collaborateur du Dr Guigo au Center for Genomic Regulation et du projet ENCODE
Webpage at the Centre nacional d’anàlisi genòmica ; Site du programme GEM et publication - Prof Robert Giegerich, Univ. of Bielefeld, Germany, Practical Computer Science lab
thématique : algorithmique combinatoire; Titre : « I Can Only Read Equations: The ICORE framework for dynamic programming over sequences and trees »
Tentative program – Programme préliminaire
Lundi 25 novembre 2013
- 09:15-10:00 Welcome – Coffee
- 10:00-11:00 Robert Giegerich « I Can Only Read Equations: The ICORE framework for dynamic programming over sequences and trees »
- 11:00-11:30 Bassam Alkindy, Jean-François Couchot, Christophe Guyeux and Michel Salomon. Finding the core-genes of Chloroplast Species
- 11:30-12:00 Gabriele Fici, Alessio Langiu, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre, Filippo Mignosi and Elise Prieur-Gaston. Répétitions abéliennes dans les mots sturmiens
- déjeuner
- 13:45-14:15 Mireille Regnier, Evgenia Furletova, Mikhail Roytberg and Victor Yakovlev. An algorithm for pattern occurrences P-values computation
- 14:15-14:45 Matias Tealdi and Matthias Gallé. Reconstructing Textual Documents from perfect n-gram Information
- 14:45-15:15 Benedikt Loewes and Robert Giegerich. Co-optimality and Ambiguity, Disentangled
- pause
- 16:00-16:30 Thierry Lecroq and Laurent Mouchard. Arbre des suffixes et tableau des suffixes d’un alignement
- 16:30-17:00 Julien Clément and Laura Giambruno. On the number of prefix and border tables
- 17:00-17:30 Bastien Cazaux and Eric Rivals. Algorithme glouton pour les plus courtes superchaîne et couverture cyclique de chaînes linéaires
- 17:30-18:00 Faouzi Mhamdi, Mmehdi Kchouk, Salma Aouled El Haj Mohamed.
Nouveaux Algorithmes d’Extraction de Motifs et de Pondération pour le Classement de Protéines
Mardi 26 novembre 2013
- 09:00-10:00 Paolo Ribecca
- pause
- 10:30-11:00 Nicolas Descostes, Martin Heidemann, Ahmad Maqbool, Lionel Spinelli, Romain Fenouil, Marta Gut, Ivo Gut, Dirk Eick and Jean-Christophe Andrau. Tyrosine-1 phosphorylation of Pol II CTD is associated with antisense promoter Transcription and active enhancers in mammalian cells
- 11:00-11:30 Christophe Guyeux. Les chemins auto-évitants pliés reliés au repliement des protéines
- 11:30-12:00 Laure Sambourg and Nicolas Thierry-Mieg. Filtering systematic errors in next-generation genotype calls: stranding matters.
- déjeuner
- 13:45-14:15 Céline Mercier, Frédéric Boyer, Aurélie Bonin and Eric Coissac. SUMATRA and SUMACLUST: fast and exact comparison and clustering of sequences
- 14:15-14:45 Vincent Ranwez, Yan Holtz, Gautier Sarah, Morgane Ardisson, Sylvain Santoni, Sylvain Glémin, Muriel Tavaud-Pirra and Jacques David. Disentangling homeologous contigs in allo-tetraploid assembly: application to durum wheat
- 14:45-15:15 Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Mikael Salson and Hélène Touzet. New software for mapping high-throughput reads for genomic and metagenomic data
- pause
- 16:00-16:30 Aida Ouangraoua, Krister Swenson and Anne Bergeron. Comparison of sets of homologous gene transcripts
- 16:30-17:00 Jocelyn De Goer De Herve, Myoung-Ah Kang, Xavier Bailly and Engelbert Mephu Nguifo. Indexation de séquences d’ADN au sein d’une base de données NoSQL à l’aide d’algorithmes de hachage perceptuel
- 17:00-17:30 Marie-Odile Baudement, Axel Cournac, Franck Court, Marie Seveno, Hugues Parrinello, Christelle Reynes, Marie-Noëlle Le Lay-Taha, Cathala Guy, Laurent Journot and Thierry Forné. The HRS-seq : a new method for genome-wide profiling of nuclear compartment-associated sequences