(JC)2BIM 2018 – Ecole Jeunes Chercheurs et Jeunes Chercheuses

Le GDR BIM propose la première édition de l’école (JC)2BIM, école généraliste en bioinformatique et biostatistique à destination des doctorants du domaine.

Le contenu de l’école s’articule autour d’un tronc commun sur l’analyse de séquences biologiques, en portant un regard pluridisciplinaire global. Une séquence est à la fois un objet biologique, combinatoire, statistique… Une séquence peut également être vue à différentes échelles : celle d’une lecture de séquençage, d’un gène, d’un génome, d’un pangénome, d’un métagénome, en trois dimensions ou plongée dans un réseau d’interactions. Tous ces points de vue complémentaires font appel à une large palette de compétences méthodologiques issues des mathématiques et de l’informatique, qui seront exposées en détail lors de l’école.

Date et lieu

Du 4 au 8 juin 2018, à la villa Clythia (Fréjus).

Programme

  • Fondements statistiques (12 h) : Statistique inférentielle, test, illustration par l’analyse différentielle. Modèles markoviens et HMM. Régression en grande dimension, méthodes pénalisée. Inférence Bayésienne, modèles graphiques, réseaux bayésiens.
  •  Fondements algorithmiques et combinatoires (12h) : recherche de motifs et alignement de séquences, méthodes exactes et heuristiques, structures d’indexation, structures de données pour l’assemblage.
  • Phylogénie (3h): les grands principes de l’évolution moléculaire et de la reconstruction phylogénétique, Maximum de vraisemblance, inférence Bayésienne. Phylogénomique.
  • Biologie des systèmes (3h) : analyse holistique des données, réseaux d’interactions géniques, réseaux métaboliques, modélisation des systèmes dynamiques.
  • Bioinformatique structurale (3h): lien entre structure, dynamique et fonction des macro-molécules, approches expérimentales, principales méthodes de prédiction de propriétés structurales et thermodynamiques.

L’école alternera des cours magistraux, des séances sur machines, des ateliers et des conférences.

Public attendu

L’école s’adresse en priorité à des doctorants titulaires d’un master en bioinformatique, biostatistique, informatique ou mathématiques, ou niveau équivalent. La maîtrise d’au moins un langage de programmation (R ou python, typiquement) est nécessaire. Il est également recommandé d’être familier avec les notions de biologie moléculaires de base (ADN, génome, gène, séquençage,…)

Pour s’inscrire

Merci de remplir le formulaire de préinscription, en expliquant votre motivation pour suivre cette école.

Date limite : 20 mars 2018. Les participants retenus seront informés le 2 avril.

Frais d’inscription

Doctorant Postdoc Autre
Personnel CNRS 0 0 0
Personnel établissement public (1) 450 500 700
Personnel établissement privé 450 600 800

Les frais d’inscription couvrent l’hébergement, la restauration (petit-déjeuner, déjeuner et diner) pendant toute la durée de l’école, ainsi que le matériel pédagogique. Ils sont donnés à titre indicatif, et pourront connaitre une légère variation en fonction des candidatures reçues.

(1) Les personnels INRA peuvent bénéficier d’une prise en charge à hauteur de 50% de leur frais d’inscription par la Formation Permanente.

Comité scientifique

  • Frédéric Cazals (DR Inria, Inria Sophia, bioinformatique structurale)
  • Alain Denise (professeur, LRI et I2BC, Université Paris-Sud, combinatoire, algorithmique)
  • Jacques van Helden (professeur, AMU Marseille, bioinformatique des génomes et des réseaux)
  • Olivier Gascuel (DR CNRS, C3BI Paris, évolution, phylogénie)
  • Claire Lemaitre (CR Inria, Inria Rennes, algorithmique, analyse de données NGS)
  • Stéphane Robin (DR Inra, biostatistique)
  • Sophie Schbath (DR Inra, MaIAGE Jouy-en-Josas, statistique des séquences)
  • Anne Siegel (DR CNRS, Irisa Rennes, biologie des systèmes)
  • Hélène Touzet (DR CNRS, CRIStAL Lille, algorithmique des séquences)

Sponsors

L’école (JC)2BIM est organisée par le GDR BIM, dans le cadre des Ecoles Thématiques du CNRS. Elle bénéficie également du soutien d’Inria et de l’INRA.