Journées de lancement du GT MASIM

La réunion de lancement du GT MASIM a eu lieu les Jeudi 16 et Vendredi 17 Novembre 2017 à Inria.

Programme

Le programme de cette réunion a consisté en une trentaine d’exposés scientifiques permettant un tour d’horizon des groupes intéressés, à un niveau essentiellement national, par les développements algorithmiques, finalisés ou amont, dans le contexte de la bioinformatique structurale.

Jeudi 16 Novembre
10:15-10:30 Ouverture des journées
10:30-10:55 Martin Weigt LCQB UPMC
Interprotein coevolution: bridging scales from residues to genomes
10:55-11:20 Elodie Laine Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative, UMR7238 UPMC-CNRS
Learning about protein-molecules interactions
11:20-11:45 Juliette Martin CNRS UMR 5086 IBCP Lyon
Interactions Protéine-Protéine et Modélisation des Macromolécules
11:45-12:10 Mathilde Carpentier Atelier de Bioinformatique – YSIEB – MNHN
Structure et évolution des protéines à l’ABI
12:10-13:30 Pause déjeuner
13:30-13:55 Gabriel Stoltz CERMICS, Ecole des Ponts
Méthodes numériques pour la simulation moléculaire efficace
13:55-14:20 Benjamin Bouvier CNRS / Université de Picardie Jules Verne (Amiens)
Biomolecular recognition from free energy simulations
14:20-14:45 Alexandre G. de Brevern INSERM
Protein structure analysis, prediction and flexibility in the light of a structural alphabet.
14:45-15:10 Stéphane Téletchéa UFIP, UMR CNRS 6286, Université de Nantes
Biodjango, an open framework for bioinformatics publishing
15:10-15:35 Gwenaëlle André-leroux INRA
OH1 from Orf Virus: A New Tyrosine Phosphatase that Displays Distinct Structural Features and Triple Substrate Specificity.
15:35-16:00 Pause café
16:00-16:25 Therese Malliavin
Benjamin Bardiaux
Pasteur/CNRS
Bioinformatique structurale en lien avec la biologie structurale et intégrative
16:25-16:50 Bruno Sargueil Faculté de Pharmacies, Paris Descartes
Modélisation structurale des ARN
16:50-17:15 Fariza Tahi Univ Evry, Université Paris-Saclay
Algorithmes pour la prédiction des structures d’ARNs avec pseudonoeuds
17:15-17:40 Alain Denise Université Paris-Sud / Paris-Saclay
Algorithmes pour l’analyse et la prédiction des structures 3D d’ARN
Vendredi 17 Novembre
8:30-8:45 Accueil
8:45-9:10 Pierre Tuffery INSERM UMR-S 973
Peptide modeling in isolation and in interaction : steps towards rational peptide design
9:10-9:35 Claudine Mayer Université Paris Diderot / Institut Pasteur
Type IIB topoisomerase modeling
9:35-10:00 Marc Baaden CNRS
Simulation et visualisation interactive pour cerner les structures et interactions macromoléculaires
10:00-10:30 Pause Café
10:30-10:55 Samuela Pasquali P5
Development of coarse-grained models for nucleic acids and aromatic systems
10:55-11:20 Fabrice Leclerc CNRS – Université. Paris 11
RNA Bioinformatics
11:20-11:45 Yann Ponty CNRS, Ecole Polytechnique & Inria Saclay
Sampling Methods for Structure Modeling and Design of RNA Secondary Structure(s)
11:45-12:10 Pablo Chacon Instituto de Quimica Rocasolano
Multiresolution fitting: Applications & Methods
12:10-13:30 Pause Déjeuner
13:30-13:55 Dave Ritchie
Isaure Chauvot de Beauchene
Inria Nancy – Grand Est
CAPSID – Computational Algorithms for Protein Structures and their Interactions
13:55-14:20 Sergei Grudinin Inria / CNRS
On some methods for structural bioinformatics
14:20-14:45 Guillaume Postic UPMC – IMPMC
Design of stable cyclic peptides for therapeutic applications
14:45-15:10 Pause Café
15:10-15:35 Frederic Cazals Inria
Bioinformatique structurale: sur quelques questions centrales et les solutions offertes dans la Structural Bioinformatics Library
15:35-16:00 Jessica Andreani Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CEA, CNRS, Univ. Paris-Sud, Université Paris-Saclay
Exploring structural interactomes in the light of evolution
16:00-16:25 Matthieu Montes CNAM
UDock: a real-time interactive protein-protein docking software
16:25-16:35 Clôture des journées
Participants
Gwenaëlle André-leroux INRA
Jessica Andreani Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CEA, CNRS, Univ. Paris‐Sud, Université Paris‐Saclay
Eric Angel IBISC, Univ Evry
Marc Baaden CNRS
Benjamin Bardiaux CNRS – Institut Pasteur
Dominique Barth Laboratoire DAVID, Université de Versailles-SQ.
Benjamin Bouvier CNRS / Université de Picardie Jules Verne (Amiens)
Alessandra Carbone Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative, UMR7238 UPMC-CNRS
Mathilde Carpentier Atelier de Bioinformatique – YSIEB – MNHN
Frederic Cazals Inria
Pablo Chacon Instituto de Quimica Rocasolano
Isaure Chauvot de Beauchene CNRS – LORIA
Jean Cognet Laboratoire Jean Perrin
Alexandre G. de Brevern INSERM
Sjoerd de Vries Molecules therapeutiques in silico
Alain Denise Université Paris-Sud / Paris-Saclay
Elisa Frezza Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, UMR 8015, Université Paris Descartes, Faculté de Pharmacie DE Paris
Sergei Grudinin Inria / CNRS
Raphael Guerois Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CEA, CNRS, Univ Paris‐Sud, Université Paris‐Saclay, F-91198, Gif‐sur‐Yvette, France
Konrad Hinsen CNRS – CBM
Gerald Kneller CBM CNRS
Elodie Laine LCQB
Fabrice Leclerc CNRS – Université. Paris 11
Audrey Legendre IBISC – Univ Evry – Université Paris Saclay
Anne Lopes Université Paris-Sud
Therese Malliavin Pasteur/CNRS
Juliette Martin CNRS UMR 5086 IBCP Lyon
Mano Joseph Mathew CRC
Claudine Mayer Université Paris Diderot / Institut Pasteur
Dorian Mazauric Inria Sophia
Matthieu Montes CNAM
Gautier Moroy Université Paris Diderot
Samuela Pasquali P5
Yann Ponty CNRS, Ecole Polytechnique & Inria Saclay
Guillaume Postic UPMC – IMPMC
Dave Ritchie Inria Nancy – Grand Est
Charles Robert LBT/IBPC
Christelle Rovetta Inria
Bruno Sargueil Faculté de Pharmacies, Paris Descartes
Méline Simsic Inria Sophia
Aicha Soussi Universite de Lorraine
Aicha Soussi Universite de Lorraine
Jean Marc Steyaert Ecole Polytechnique
Gabriel Stoltz CERMICS, Ecole des Ponts
Dirk Stratmann IMPMC, UPMC
Fariza Tahi Univ Evry, Université Paris-Saclay
Antoine Taly CNRS Laboratoire de Biochimie Théorique
Stéphane Téletchéa UFIP, UMR CNRS 6286, Université de Nantes
Pierre Tuffery INSERM UMR-S 973
Martin Weigt LCQB UPMC
Modalités pratiques

Lieu:

Inria Paris
2 Rue Simone IFF, 75012 Paris
Salle JL Lions 1 au RDC du bâtiment C
[Instructions d’accès]

Inscription obligatoire : Pour des raisons d’accès au bâtiment et de capacité limitée, les inscriptions aux journées sont obligatoires, et sont closes depuis le 6 Novembre. Vous pouvez contacter les organisateurs (Yann Ponty et Frédéric Cazals) pour vous inscrire sur la liste d’attente.

Déjeuner : Carte (Google Map) des restaurants voisins [version PDF].